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TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

2018.12.23 11:56 6584浏览

用tbtools转换格式


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复制第二列序列数据到一个新文本文档onlyseq.txt,并把所有*删除


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处理excel文件最后得到如下格式文件


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2 motif分析及可视化MEME

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等待。。。
下载MAST xml文件


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可以在线查看 MAST HTML output链接

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打开TBtools


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也可以用


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3基于domain分析成员结构域的保守型与可视化

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi

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对比motif和domain看下


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domain不怎好看,可以修改hit文件
缺失的序列补回来

另外,可以用下面方式手动修改更好的展示

4  基因结构分析(包含内含子,UTR)

TBtools


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菠萝中内含子少,而拟南芥中很多

5 基因染色体分布情况可视化

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作者:Y大宽
链接:https://www.jianshu.com/p/756b2de78226


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