如何提高大量的字符串比较速度

Question

补充数据链接：candidates: https://pan.baidu.com/s/1nvGWbrVbg_db: https://pan.baidu.com/s/1sllFLAd每个字符串长度都是23，只要前面20个字符就行，由于数据太大，我只传了五分之一，大神们可以挑战一下，有速度快的可以贴一下代码，让小弟拜读一下，谢谢！下面是正式的问题：我现在有两个字符串数组，姑且称为candidates和bg_db，全部都是长度为20的短字符串，并且每个字符串的每个字符只有ATCG四种可能（没错！就是基因组序列啦！）:candidates = [    'GGGAGCAGGCAAGGACTCTG',    'GCTCGGGCTTGTCCACAGGA',    '...',    # 被你看出来啦，这些其实人类基因的片段] bg_db = [    'CTGCTGACGGGTGACACCCA',    'AGGAACTGGTGCTTGATGGC',    '...',    # 这个更多，有十亿左右]我的任务是对candidates的每一个candidate，找到bg_db中所有与其小于等于4个差异的记录，我的想法是，bg_db是高度有序的字符串(长度固定，每个字符的可能只有四种)，有没有什么算法，可以让candidate快速比较完所有的bg_db，各位大神，求赐教。

Answer 1

写一个思路

candidates = [    'GGGAGCAGGCAAGGACTCTG',    'GCTCGGGCTTGTCCACAGGA',    '...',    # 被你看出来啦，这些其实人类基因的片段]

bg_db = [    'CTGCTGACGGGTGACACCCA',    'AGGAACTGGTGCTTGATGGC',    '...',    # 这个更多，有十亿左右]

因为你的数据其实是很有特点的，这里可以进行精简。
因为所有的字符串都是20个字符长度，且都由ATCG四个字符组成。那么可以把它们变换为整数来进行比较。
二进制表现形式如下

A  ==>  00T  ==>  01C  ==>  10G  ==>  11

因为一个字符串长度固定，每个字符可以由2个比特位表示，所以每个字符串可以表示为一个40位的整数。可以表示为32+8的形式，也可以直接使用64位整形。建议使用C语言来做。

再来说说比较。
因为要找到每一个candidate在bg_db中与之差异小于等于4的所有记录,所以只要两个整数一做^按位异或操作，结果中二进制中1不超过8个,且这不超过8个1最多只能分为4个组的才有可能是符合要求的（00^11=11,10^01=11）。
把结果的40个比特位分作20个组，那么就是说最多只有4个组为b01 b10 b11这三个值，其余的全部为b00。
那么比较算法就很好写了。
可以对每个字节(四个组)获取其中有几个组是为三个非零值的，来简介获取整体的比较结果。
因为每个字节只有256种可能的值，而符合条件的值只有3^4=81种，所以可以先将结果存储起来，然后进行获取。
这里给出一个函数，来获取结果中有几个是非零组。

/*****************下面table中值的生成******//**
  int i;
  for( i=0;i<256;++i){
    int t =0;
    t += (i&0x01 || i&0x02)?1:0;
    t += (i&0x04 || i&0x08)?1:0;
    t += (i&0x10 || i&0x20)?1:0;
    t += (i&0x40 || i&0x80)?1:0;
    printf("%d,",t);
    if(i%10 ==9){putchar('\n');}
  }
********************************************//

int table[] = {0,1,1,1,1,2,2,2,1,2,2,2,1,2,2,2,1,2,2,2,2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,3,3,1,2,2,2,2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,3,3,1,2,2,2,2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,3,3,1,2,2,2,2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,4,4,2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,4,4,2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,4,4,1,2,2,2,2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,4,4,2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,4,4,2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,4,4,1,2,2,2,2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,4,4,2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,4,4,2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,4,4};

int getCount(uint64_t cmpresult)
{
    uint8_t* pb = &cmpresult;    // 这里假设是小段模式，且之前比较结果是存在低40位
    return table[pb[0]]+table[pb[1]]+table[pb[2]]+table[pb[3]]+table[pb[4]];
}

Answer 2

首先，你的时间估算完全不对，这种大规模的数据量处理，好歹跑个几万条，持续十秒以上的时间，才能拿来做乘法算总时间，只算一条的话，这个时间几乎都是初始化进程的开销，而非关键的IO、CPU开销

以下正文

ACTG四种可能性相当于2bit，用一个字符表示一个基因位太过浪费了，一个字符8bit，可以放4个基因位

即使不用任何算法，只是把你的20个基因写成二进制形式，也能节省5倍时间

另外，循环20次，CPU的指令数是20*n条，n估计至少有3，但对于二进制来说，做比较的异或运算直接是cpu指令，指令数是1