无痛的方式来安装新版本的R？

Question

无痛的方式来安装新版本的R？有没有人有一个很好的技巧来进行升级，从安装软件到复制所有设置/包？这个建议包含在评论中，是我最近一直在使用的。首先安装新版本，然后在旧版本中运行：#--run in the old version of Rsetwd("C:/Temp/")packages <- installed.packages()[,"Package"]save(packages, file="Rpackages")在新版本中遵循以下内容：#--run in the new versionsetwd("C:/Temp/")load("Rpackages")for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))install.packages(p)

Answer 1

为了完整起见，有一些方法可以防止您遇到此问题。正如Dirk所说，将包保存在计算机上的另一个目录中。

install.packages("thepackage",lib="/path/to/directory/with/libraries")

您可以更改默认.Library使用的函数值.libPaths太

.libPaths("/path/to/directory/with/libraries")

这会将此路径作为.Library变量中的第一个值，并使其成为默认值。

如果要进一步自动化，可以在Rprofile.site文件中指定它，您可以在R build的/ etc /目录中找到它。然后每次加载时它都会自动加载，你不必再担心了。您只需从指定目录安装和加载包即可。

最后，我的Rprofile.site中包含一些小代码，允许我在安装新R版本时重新安装所有软件包。您只需在更新到新R版本之前列出它们。我使用包含所有包的更新列表的.RData文件。

library(utils)## Check necessary packagesload("G:\Setinfo\R\packagelist.RData") # includes a vector "pkgs"installed <- pkgs %in% installed.packages()[, 'Package']if (length(pkgs[!installed]) >=1){
  install.packages(pkgs[!installed])}

我通过.Last()在我的Rprofile.site中指定来创建packagelist.RData 。如果我安装了一些，则更新包列表：

.Last <- function(){
  pkgs <- installed.packages()[,1]
  if (length(pkgs) > length(installed)){
    save(pkgs,file="G:\Setinfo\R\packagelist.RData")
  }}

当我安装新的R版本时，我只需将必要的元素添加到Rprofile.site文件中，然后重新安装所有软件包。无论如何我必须调整Rprofile.site（使用和比，为Tinn-R添加额外的代码，这些东西），所以这不是真正的额外工作。它只需要额外的时间来重新安装所有包。

最后一位相当于原始问题中给出的解决方案。我不需要担心首先获得“已安装”列表。

同样，如果您的软件包未从CRAN安装，则无法完美运行。但是这个代码很容易扩展，包括那些代码。

Answer 2

如果你有先见之明，接受的答案可能会有效，但我已经摆脱了旧版本，因此无法遵循这些指示。下面描述的步骤适用于从2.1和3.1升级的OSX。

更新：要获取最新版本的目录（而不是键入3.1或3.2），您可以使用以下命令。第二个直接转换为R变量，跳过.和，..并.DS_Store使用：

OLD=$(ls -d /Library/Frameworks/R.framework/Versions/*.* |tail -n 2 | head -n 1)Resources/library/echo "packages = c(\"`ls $OLD | tail +4| paste -s -d ',' - | sed -E 's|,|\",\"|'g`\")" | tr -d "/"

（添加|pbcopy到最后将其直接复制到Mac剪贴板）

然后在R中，您可以粘贴生成的变量。一旦在新版本的R中定义了它，您就可以按照上面的说明遍历已安装的软件包......

for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
   install.packages(p, dependencies=TRUE, quiet=TRUE, ask=FALSE)