Jupyter Notebook io.字符串IO作为输出

Question

输入Blast_aa_mc = qblast("blastp","nr", aa_mc[2])Blast_aa_mc输出<_io.StringIO at 0x12a1a48>什么是_io。字符串？这是什么意思？我所期待的是某种字符串或数组。有没有更好的方法来做到这一点？

Answer 1

字符串IO是标准库中来自蟒蛇的io模块的类。从本质上讲，StringIO 对象的行为类似于 Python 文件对象，它不存储在磁盘上，而是保存在内存中。

让我们看一个简单的例子：

f = io.StringIO("Some initial\ntext data.")

如果将其打印出来，则会得到与您的结果类似的结果：

print(f)

>> <_io.StringIO object at 0x7f4530264a68>

如何处理这个问题？好吧，几乎任何你可以用文件对象做的事情，你可以用一个StringIO对象来做。例如，要获取 f 中所有行的列表：

    content = f.readlines()

    print(content)

    >> ['Some initial\n', 'text data.']

要获取包含所有内容的单个字符串，请执行以下操作：

print(''.join(content))

>> 'Some initial

text data.'

请注意，您只能调用一次读行 - 就像文件一样。对读行的第二次调用将返回一个空列表。

Answer 2

您可以解析通过模块返回的结果句柄，例如qblast()Bio.SearchIO

from Bio import SearchIO

from Bio.Blast import NCBIWWW

Blast_aa_mc = NCBIWWW.qblast("blastp","nr", aa_mc[2])

blast_qresult = SearchIO.read(Blast_aa_mc, "blast-xml")

print(blast_qresult)

我最近的《生物间谍节》笔记本教程中对此进行了介绍。

对于多个结果，请使用（环绕它以在内存中创建列表）SearchIO.parse(Blast_aa_mc, "blast-xml")list()