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阿里云MaxCompute携手华大基因打造精准医疗应用云平台,十万基因组计算成本降低至1000美金以内

2019.02.15 17:41 912浏览

摘要:华大基因股份公司总监金鑫介绍了华大基因,并浅谈了与阿里云的情缘,包括Maxcompute等方面应用案例。一起来看下吧。 关于华大基因 华大基因是中国最领先的基因科技公司,华大基因为消除人类病痛、经济危机、国家灾难、濒危动物保护、缩小贫富差距等方面提供分子遗传层面的技术支持。

原文地址:http://click.aliyun.com/m/43992/

华大基因股份公司总监金鑫介绍了华大基因,并浅谈了与阿里云的情缘,包括Maxcompute等方面应用案例。一起来看下吧。

关于华大基因

华大基因是中国最领先的基因科技公司,华大基因为消除人类病痛、经济危机、国家灾难、濒危动物保护、缩小贫富差距等方面提供分子遗传层面的技术支持。目前,世界上只有两个国家的三个公司可以生产、量产临床级别的基因测序仪,华大基因是中国的唯一一家。我们在基因的产权研发方面从1999年开始做了很多的工作。在2014年,我们与阿里云有了初步的接触,在2015年上线了我国第一个基因云计算平台。

挑战

我们与阿里云合作是因为我们看到基因技术从过去的只在实验室中逐渐进入到广大群众的生活场景当中,不管是在医学健康方面、生殖健康方面、肿瘤防治方面、病原感染方面还是农业育种,以及与我们每个人息息相关的健康管理,基因技术已经取得越来越多的应用场景,在国产基因测序仪的助力之下,基因数据产生的体量也越来越庞大,远远的超出了原有的计算能力所能支持的范围。

解决方案及架构

针对上述情况,华大基因业务逐步迁移到阿里云计算平台之上。 

新的日志分析架构如页面下方架构图所示。

方案涉及的阿里云数加平台组件有: 

• 大数据计算服务(MaxCompute),是一项大数据计算服务,它能提供快速、完全托管的PB级数据仓库解决方案,使您可以经济并高效的分 析处理海量数据。 

• 批量计算(BatchCompute),一种适用于大规模并行批处理作业的分布式云服务。BatchCompute可支持海量作业并发规模,系统自动完成资源管理,作业调度和数据加载,并按实际使用量计费。BatchCompute广泛应用于电影动画渲染、生物数据分析、多媒体转码、金融保险分析、科学计算等领域。 

• 对象存储(OSS),海量、安全、低成本、高可靠的云存储服务,提供99.99999999%的数据可靠性。使用RESTful API 可以在互联网任何位置存储和访问,容量和处理能力弹性扩展,多种存储类型供选择全面优化存储成本。

正是这样的背景之下,在非常强劲的需求驱动下,我们与阿里云开始了合作,使用了阿里云计算存储的多款产品,尤其包括批量计算、Maxcompute等一些异构计算方式,使我们原先需要几周甚至更长时间才能完成的计算任务在一两天内得以解决。在我们现在进行的百万人基因组项目中,阿里云的Maxcompute技术帮助我们大大加速了对于人群结构的分析速度的进展。

客户收益

每个人的基因数据为100G,传统计算方式处理需要三到五天,使用Maxcompute使得整个分析可以在一小时内完成,大大加速了数据吞吐速度和交付速度。另外,在对百万人的基因数据进行遗传结构分析时,我们需要把每一个人与剩余的所有人进行遗传距离计算,这个计算量是巨大的,计算复杂度已经远远超出了传统计算条件下硬件设备所能承受的能力范围,通过使用Maxcompute,我们已经在这方面取得了技术突破,其中,我们在几小时内就可以把一个人与十万人中所有遗传距离进行计算,计算成本大幅降低至1000美金以内,这样的例子我们还在不断的开发中,相信Maxcompute也会给我们带来更多的惊喜。

在存储方面,我们也使用了阿里的产品,每年我们会产生非常多的基因数据,明年我们计划对十万人进行基因组的基因测序和分析,我们将与阿里云计算平台一起在2018年用国产测序仪完成计算、分析和交付。



作者:猫耳呀
链接:https://www.jianshu.com/p/1c0300d69cd0


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