//我第二次看到这个问题了= =，纯手打。上一次是求每个学生的平均分，这是总平均啊。下面有说明需要改的地方。
#include<stdio.h>
void main()
{
    int score[3][4];
    int i,j,ave,sum,max;
    for(i=0;i<=2;i++)
    {
        for(j=0,sum=0,ave=0;j<=3;j++)         /*1.此处sum=0方便给不同学生初始化总分*/
        {                       //楼主问题不同，去掉sam=0就好了
        printf("学生%d的课程%d成绩=",i+1,j+1);
        scanf("%d",&score[i][j]) ;          //对应学生手动键盘输入各科成绩
        sum+=score[i][j];               //累加学生I的分数 
        }
        ave=sum/4;                  //2.求平均值，此处改成sum/12。
        printf("学生%d的平均分=%d\n",i+1,ave);         //3.这里删去，循环外printf即可。
     } 
     for(j=0;j<=3;j++)
     {
         max=score[0][j];               /*每门课程三个分数依次比较即可*/
         if(score[1][j]>max)
         max=score[1][j];
         if(score[2][j]>max)
         max=score[2][j];
         printf("\n课程%d的最高分=%d",j,max);    //每次循环输出一个最高分
     }
}

用for循环求每行和每列的分别总和在除学生数和课程数，你先想一下，不会的话我再给你发代码