将相关矩阵绘制成图

Question

我有一些相关值的矩阵。现在，我想在一个看起来或多或少像这样的图形中绘制该图形：我该如何实现？

Answer 1

library(lattice)

#Build the horizontal and vertical axis information

hor <- c("214", "215", "216", "224", "211", "212", "213", "223", "226", "225")

ver <- paste("DM1-", hor, sep="")

#Build the fake correlation matrix

nrowcol <- length(ver)

cor <- matrix(runif(nrowcol*nrowcol, min=0.4), nrow=nrowcol, ncol=nrowcol, dimnames = list(hor, ver))

for (i in 1:nrowcol) cor[i,i] = 1

#Build the plot

rgb.palette <- colorRampPalette(c("blue", "yellow"), space = "rgb")

levelplot(cor, main="stage 12-14 array correlation matrix", xlab="", ylab="", col.regions=rgb.palette(120), cuts=100, at=seq(0,1,0.01))

Answer 2

非常容易使用grid :: levelplot：

z <- cor(mtcars)

require(lattice)

levelplot(z)

Answer 3

ggplot2库可以使用来处理此问题geom_tile()。由于没有任何负相关，因此上图中似乎已进行了一些缩放，因此请在数据中考虑这一点。使用mtcars数据集：

library(ggplot2)

library(reshape)

z <- cor(mtcars)

z.m <- melt(z)

ggplot(z.m, aes(X1, X2, fill = value)) + geom_tile() + 

scale_fill_gradient(low = "blue",  high = "yellow")

编辑：

ggplot(z.m, aes(X1, X2, fill = value)) + geom_tile() + 

scale_fill_gradient2(low = "blue",  high = "yellow")

允许指定中点的颜色，默认为白色，因此此处可能是一个不错的调整。其他选项可以在ggplot网站的此处和此处找到。