使用python，Ubuntu OS从脚本调用命令行

Question

我在从脚本调用命令行时遇到困难。我运行脚本但没有得到任何结果。通过我脚本中的这个命令行，我想运行一个工具，该工具生成一个文件夹，其中包含每行的输出文件。输入路径已经定义。你能帮我么？for line in inputFile:cmd = 'python3 CRISPRcasIdentifier.py -f %s/%s.fasta -o %s/%s.csv -st dna -co %s/'%(inputpath,line.strip(),outputfolder,line.strip(),outputfolder)os.system(cmd)

Answer 1

您真的想使用 Python 标准库模块subprocess。使用该模块中的函数，您可以将命令行构建为字符串列表，并且每个字符串都将作为一个文件名、选项或值进行处理。这绕过了 shell 的转义，并消除了在调用之前对脚本参数进行按摩的需要。

此外，您的代码将不起作用，因为for语句的主体块没有缩进。Python 根本不会接受此代码（您可能会在没有适当缩进的情况下粘贴到 questiong 中）。

Answer 2

我通常对静态命令这样做

from subprocess import check_output

def sh(command):

    return check_output(command, shell=True, universal_newlines=True)

output = sh('echo hello world | sed s/h/H/')

但这不安全！！！你应该做的shell注入很容易

from subprocess import check_output

from shlex import split

def sh(command):

    return check_output(split(command), universal_newlines=True)

output = sh('echo hello world')

差异是微妙但重要的。shell=True 将创建一个新的外壳，因此管道等将起作用。当我有一个带有管道的大命令行并且是静态的时，我会使用它，我的意思是，它不依赖于用户输入。这是因为这个变体对 shell 注入很敏感，用户可以输入something; rm -rf /并且它会运行。

第二种变体只接受一个命令，它不会生成 shell，而是直接运行命令。所以没有管道和这样的外壳会起作用，而且更安全。

universal_newlines=True用于将输出作为字符串而不是字节。将它用于文本输出，如果您需要二进制输出，只需省略它。默认值为假。

所以这是完整的例子

from subprocess import check_output

from shlex import split

def sh(command):

    return check_output(split(command), universal_newlines=True)

for line in inputFile:

    cmd = 'python3 CRISPRcasIdentifier.py -f %s/%s.fasta -o %s/%s.csv -st dna -co %s/'%(inputpath,line.strip(),outputfolder,line.strip(),outputfolder)

    sh(cmd)

ps：我没有测试这个

Answer 3

如前所述，不推荐执行命令 vias: os.system(command)。请使用 subprocess （在 python 文档中阅读有关此模块subprocess_module_docs）。在这里查看代码：

for command in input_file:

    p = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

    # use this if you want to communicate with child process

    # p = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

    p.communicate()

    # --- do the rest