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浏览器搜索与 Bio.entrez 搜索结果不同

浏览器搜索与 Bio.entrez 搜索结果不同

qq_花开花谢_0 2023-12-08 15:58:35
当我使用 Bio Entrez 进行搜索时,我得到了不同的结果。例如,当我使用查询“covid sideeffect”在浏览器上搜索时,我得到 344 个结果,而当我使用 Bio Entrez 时,我只得到 92 个结果。这是我正在使用的代码。from Bio import EntrezEntrez.email = "Your.Name.Here@example.org"handle = Entrez.esearch(db="pubmed", retmax=40, term="covid side effect", idtype="acc")record = Entrez.read(handle)handle.close()print(record['Count'])我希望有人可以帮助我解决这个差异。
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1 回答

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守着星空守着你

TA贡献1799条经验 获得超8个赞

由于某种原因,无论是 R api 还是 Python API,每个人似乎都有相同的问题。我找到了一种解决方法来获得相同的结果。它很慢,但它可以完成工作。如果你的结果小于 10k,你可以使用 Selenium 来获取 pubmedid。否则,我们可以使用下面的代码来抓取数据。我希望这对将来的人有帮助。


import requests

# # Custom Date Range

# req = requests.get("https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=covid&filter=dates.2009/01/01-2020/03/01&format=pmid&sort=pubdate&size=200&page={}".format(i))


# # Custom Year Range

# req = requests.get("https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=covid&filter=years.2010-2019&format=pmid&sort=pubdate&size=200&page={}".format(i))



# #Relative Date 

# req = requests.get("https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=covid&filter=datesearch.y_1&format=pmid&sort=pubdate&size=200&page={}".format(i))


# # filter language 

# # &filter=lang.english


# # filter human 

# #&filter=hum_ani.humans


# Systematic Review

#&filter=pubt.systematicreview


# Case Reports 

# &filter=pubt.casereports


# Age

# &filter=age.newborn


search = "covid lungs"

# search_list = "+".join(search.split(' '))


def id_retriever(search_string):

    string = "+".join(search_string.split(' '))

    result = []

    old_result = len(result)

    for page in range(1,10000000):

        req = requests.get("https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term={string}&format=pmid&sort=pubdate&size=200&page={page}".format(page=page,string=string))


        for j in req.iter_lines():

            decoded = j.decode("utf-8").strip(" ")

            length = len(decoded)

            if "log_displayeduids" in decoded and length > 46:

                data = (str(j).split('"')[-2].split(","))

                result = result + data

                data = []

        new_result = len(result)

        if new_result != old_result:

            old_result = new_result

        else:

            break

    return result


ids=id_retriever(search)

len(ids)


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反对 回复 2023-12-08
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