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perl脚本

perl脚本相关知识

  • 一个按检索条件从NCBI下载序列的Perl脚本
    NCBI我想大家是再熟悉不过的了,有时候我们需要按照自己的想法来下载一些序列在比对一下,网上也有很多点来点去的教程,但是面对数据量大一点的序列他们往往不太灵。比如我们想下物种Phytophthora 的ITS1序列,在NCBI上输入Phytophthora ITS1 就可以了。然后把Search details里面的内容填到脚本相应的内容里面就好啦。下载序列其实是一道填空题。#!/usr/bin/perl #use strict;######################################################## Application 3: Retrieving large datasets  # # Goal: Download all chimpanzee mRNA sequences in FASTA format (>50,000 sequences).#  # Solution: First use ESearch to retrieve the GI numb
  • Linux下用户的创建与删除
    我们在Linux下创建用户主要有两种方式:adduser和useradd,它们的区别以及主要用法如下: adduser adduser的用法很简单,只需adduser+username即可,如下: sudo adduser alvin 这个命令其实是个perl脚本,它的底层还是调用useradd命令。网上很多教程说它会进行人机交互,但现在有些发行版(比如centOS)其实已经改进了,无需繁琐的交互,只需以上一条命令即可创建用户。 adduser命令会自动创建用户家目录,指定shell版本。但是,有些发行版在创建用户的同时,会要求你设定用户密码,而有
  • Xtrabackup使用指南 InnoDB数据备份工具
               一、Xtrabackup介绍   A、Xtrabackup是什么   Xtrabackup是一个对InnoDB做数据备份的工具,支持在线热备份(备份时不影响数据读写),是商业备份工具InnoDB Hotbackup的一个很好的替代品。   Xtrabackup有两个主要的工具:xtrabackup、innobackupex   1、xtrabackup只能备份InnoDB和XtraDB两种数据表,而不能备份MyISAM数据表   2、innobackupex是参考了InnoDB Hotbackup的innoback脚本修改而来的.innobackupex是一个perl脚本封装,封装了xtrabackup。主要是为了方便的 同时备份InnoDB和MyISAM引擎的表,但在处理myisam时需要加一个读锁。并且加入了一些使用的选项。如slave-info可以记录备份恢 复后,作为slave需要的一些信息,根据这些信息,可以很方便的
  • Linux有问必答:如何用Perl检测Linux的发行版本
    提问:我需要写一个Perl程序,它会包含Linux发行版相关的代码。为此,Perl程序需要能够自动检测运行中的Linux的发行版(如Ubuntu、CentOS、Debian、Fedora等等),以及它是什么版本号。如何用Perl检测Linux的发行版本?如果要用Perl脚本检测Linux的发行版,你可以使用一个名为Linux::Distribution的Perl模块。该模块通过检查/etc/lsb-release以及其他在/etc下的发行版特定的目录来猜测底层Linux操作系统。它支持检测所有主要的Linux发行版,包括Fedora、CentOS、Arch Linux、Debian、Ubuntu、SUSE、Red Hat、Gentoo、Slackware、Knoppix和Mandrake。要在Perl中使用这个模块,你首先需要安装它。在Debian或者Ubuntu上安装 Linux::Distribution基于Debian的系统直接用apt-get安装$ sudo apt-get&nb

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