加个判断函数就好。

<script type="text/javascript">

  var attime;

  function clock(){

      var time=new Date(); 

    attime='现在的时间是' + time.getHours() + ':' + checkTime(time.getMinutes()) + ':' + checkTime(time.getSeconds());

    document.getElementById("clock").value = attime;

  }

  function checkTime(n){

  if (n < 10) { n = '0' + n};

  return n;

  }

   setInterval('clock()',1000);

</script>

做判断，如果获取的值小于10前面加0，如果大于10就是他本身